Arhiivifondi "Eesti evangeeliumi luteriusu kiriku" Lüganuse koguduse dokumentides, kroonikalistes märkmetes on märgitud, et Lüganuse koolimaja ehitati 1694. a. Koolmeistrile määrati aasta palgaks 16 tündrit vilja (Tallinna mõõdus). Koolmeister sai lisaks sellele iga kooliastunud lapse pealt ühe vasktaalri ning kui õpilane lahkus koolist lugedaoskajana, veel ühe vasktaalri. 1698 .a. visiteerimisprotokollist loeme, et enne 1696 -1698 aastate näljahäda töötas kihelkonnas üks kool - Lüganusel. Nälja ajal õpetaja lahkus, kuna talurahvas enam lapsi kooli ei saatnud. Põhjasõja ajal puuduvad koolide kohta andmed. 23. juuni 1717. a. protokollis märgitakse, et sõja ajal põlesid koolid maha. 1723. a. pöördus valitsus mõisnike poole palvega ehitada koolimaja ja panna ametisse koolmeistrid. Kindralkuberneri Brouni koolipatendi ellurakendamisel 1765. a. pandi alus Lüganuse kihelkonna koolidele. Siit selgub, et 1768. a. oli Lüganusel kool. Õppetöö korraldus ja sisu tolleaegses (18.saj.) koolides jäi madalaks. Seoses kapitalismi arenemisega 19. saj. esimesel poolel olid mõisnikud sunnitud tegelama talurahva õpetamisega. Loodi uued administratiivkeskused - vallad ja nähti ette ka valla ja kihelkonnakoolide asutamine.
1844. a. töötas kihelkonnas viis kooli 514 õpilasega. Sealhulags oli ka Lüganuse kool. 1862. a. oli Lüganuse kihelkonnas 10 kooli: Varja, Aidu, Lüganuse, Savala, Erra, Tarumaa, Saka, Soonurme, Rääsa, Kestla. Kihelkonnakooli asutamiseni Lüganusel ei jõutudki, kuigi naaberkihelkondades need olid. Vallakoolide olukord ei olnud 19. saj. lõpul rahuldav. Vallakooli ülalpidajaks oli mõis, kes ei olnud eriti huvitatud talurahvale hariduse andmisest. Vaatamata sellele oli 1881. a. rahvaloenduse andmeil täiesti kirjaoskamatuid üle 14. a. laste hulgas 6%. 1887. a. toimunud koolireform tõi sisse vene keele õpetamise. Kogu õppetöö toimus vene keeles, välja arvatud emakeel ja usuõpetus. Kui kool allutati haridusministeeriumile 1887. a. kehtestati vallakoolides uus õppeplaan. Käesoleva sajandi algus õppeplaanidesse erilisi muudatusi ei toonud. Esimese Maailmasõja aastad ja 1918. a. Saksa okupatsioon ei toonud muudatusi Lüganuse koolide võrgukavva. Senine koolivõrk jäi püsima 1919. aastani. Õppijate arv vallakoolides vähenes, sest osa lapsi õppis Lüganuse Haridusseltsi koolis. Võitlus rahvahariduse demokratiseerimise eest võttis Eestis üha ulatuslikuma iseloomu. Nõuti emakeelset ilmalikku kooli. Toetudes sellele seadusele asutasid kohalikud ärksamad seltskonnategelased Lüganuse Hariduse Seltsi. Selts seadis oma eesmärgiks rahva haridusjärje tõstmise emakeelse kooli asutamise näol. Koolimaja valmis1910. a. sügiseks. Esialgselt oli ettenähtud õppeajaks kuus aastat. Lüganuse Haridusseltsi kooli tegevus lõppes 1918. a. detsembris. Jätkas tööd 1919. a. märtsis Lüganuse Kõrgema Algkoolina. Uue kooli koosseisu arvati kõik endise Haridusseltsi kooli õpilased.
1921. a. muudeti Lüganuse Kõrgem Algkool vastavalt "Avalikkude Algkoolide Seadusele" 1920. a. Lüganuse 6. klassiliseks algkooliks. 1921. a. lõpetas kooli VI jaVII klass. Kool töötas Erra- Liival 1926. aastani, siis valmis Püssi asunduses endise Püssi mõisa varemete kohale Püssi 6- kl. algkooli hoone. Endised Lüganuse 6- kl. algkooli õpilased viidi üle Püssi 6 - kl. algkooli.
1956. a. muudeti Püssi 7 - kl. Kool keskkooliks. Püssi kooli direktoriks oli tol perioodil Reet Laigna. Suuremad ümberkorraldused organiseeriti järgmise direktori Olavi Uuemaa ajal. Ehitati võimla, tehti  ümberehitustöid koolimajas, pandi sisse keskküte, selleks ehitati väike katlamaja, ehitati ümber internaadi hoone ja õpetajatele 8- korteriga elamu. 28. augustil 1989. Hariduskomitee otsusega on nimetatud Püssi Keskkool Lüganuse Keskkooliks. Alates 1977. a. augustist kuni 1993. a. oli kooli direktoriks Lembit Samel. Alates 1993. a. augustist töötab kooli direktorina Tõnu Lont.